Tijdens de productie van blauwe waterstof is alle schadelijke uitstoot afgevangen en opgeslagen, zodat deze niet in de atmosfeer terecht kan komen. Bij de meest gebruikte methoden voor waterstofproductie worden de schadelijke reststoffen wel van de waterstof gescheiden, maar vervolgens niet opgeslagen. Door dit wel te doen wordt deze waterstofproductie CO2-neutraal.

Het merendeel van de geproduceerde waterstof is grijze waterstof (waterstof uit fossiele bron met schadelijke uitstoot tijdens de productie). Ter verduurzaming van de waterstofproductie is groene waterstof (uit hernieuwbare bron, geproduceerd met duurzame energie) wenselijk. Voordat voldoende hoeveelheden groene waterstof geproduceerd kunnen worden ter vervanging van de grijze waterstof is echter nog veel ontwikkeling nodig. Het inpassen van CO2-afvang en -opslag in de bestaande waterstofwinning kan direct voor een reductie in uitstoot zorgen, door van de grijze waterstof blauwe waterstof te maken.

CO2-afvang en -opslag (Carbon Capture Storage – CCS) is een gebruiksklare techniek, maar wordt nog maar mondjesmaat toegepast bij diverse bronnen van uitstoot. De investeringskosten die de uitrol vergt worden vaak te hoog beschouwd in het licht van de onzekere toekomst van deze bronnen van uitstoot. Er bestaat maatschappelijke weerstand tegen CCS omdat het bestaande gebruik van fossiele brandstoffen erdoor in stand zou worden gehouden en de investeringen ten koste zouden gaan van duurzame alternatieven. Desondanks zou het de snelste manier zijn om reducties teweeg te brengen binnen de waterstofproductiesector.